Zeitleiste A: 2003, Teil 2

Kurz darauf hat sich Rogue selbst den X-Men angeschlossen, doch bei einem Angriff des zurückgekehrten William Stryker auf das Xavier-Institut – der die Mutantenkräfte seines eigenen Sohnes Jason nutzt, um den Mutanten Nightcrawler in einen Attentäter im Weißen Haus zu verwandeln – tauchen mehrere X-Men auf, darunter Charles, gefangen genommen. Die verbleibenden X-Men verbünden sich mit Magneto und Mystique, um ihre Freunde zu retten und Stryker davon abzuhalten, Jasons Kräfte zu nutzen, um Xavier einer Gehirnwäsche zu unterziehen, damit dieser seinen Mutanten erkennenden Supercomputer/psychischen Kraftverstärker Cerebro nutzt, um alle Mutanten auf der Erde zu töten.

Magneto verursacht absichtlich Probleme und überzeugt Jason dazu , Charles einer Gehirnwäsche zu unterziehen, damit er Cerebro verwendet um alle Menschen zu töten. Er flieht im Chaos, aber die X-Men befreien Charles und entkommen während einer Überschwemmung aus Strykers Basis. Stryker st dabei ebenso wie Jean Grey, die sich selbst opfert, um das Wasser lange genug abzuhalten, damit ihre Freunde es raus schaffen können. (X2)