Zeitleiste A: 1979
Als Victor beginnt, ehemalige Mitglieder von Team X zu jagen, wird Logan auf Strykers Angebot hin in das Weapon X-Programm aufgenommen. Sein Skelett wird mit dem ultrastarken Metall Adamantium versetzt, um ihn stark genug zu machen, um Victor aufzuhalten. Nachdem Stryker versucht hat, Logan einer Gehirnwäsche zu unterziehen, damit er sein persönlicher Auftragsmörder wird, kann er fliehen und erfährt schließlich, dass Victor tatsächlich noch immer für Stryker arbeitete und genetisches Material von Mutanten und Gefangenen beschaffte, damit Stryker in einer Einrichtung auf Three Mile Island damit experimentieren konnte.
Nachdem er Victor verraten hat, aktiviert Stryker Weapon XI, eine genetisch verbesserte Version von Logan und Victors ehemaligem Team X-Verbündeten Wade Wilson, eine „Deadpool“-Mischung aus verschiedenen Mutantenfähigkeiten. Logan tötet Weapon XI, wird jedoch von einer Adamantiumkugel in den Kopf geschossen, wodurch er sein Gedächtnis verliert. (X-Men Origins: Wolverine)
